Entre parroquias, cuasiparroquias y centros misionales fueron un total de 21 los centros fundados: San Jerónimo Silacayoapilla, el 8 de agosto de 1992; la cuasiparroquia de Santa María Yucuquimi, el 10 de septiembre de 1992; Santa María Camotlán 26 de septiembre de 1992; la Inmaculada Concepción del Molino, el 4 de octubre de 1992; San Vicente Boquerón, 9 de octubre de 1992; El Calvario Acatlàn, 23 de noviembre de 1992; San Gabriel Acatlàn, 31 de mayo de 1993; San Bernardo Acatlàn, 30 de diciembre 1992; San Simón Zahuatlàn, 4 de septiembre de 1993; Cuasiparroquia de Santa María Tindú, 15-I-octubre 1991. Cuasiparroquia de Guadalupe Santa Ana Acatlàn, 5-IV-1995, Sección Cuarta de Tehuitzingo, 1994, Nuestra Señora de los Dolores, en septiembre de 1993. Centros Misionales: Santa María Yucunicoco, octubre de 1992, San Martín Duraznos, 25 de enero de 1993, Santa Cruz Tejalpa, 11 de septiembre de 1992, Santiago Naranjas, 19-IV-1994, Santiago del Río en 26-VII-1994, San Sebastián del Monte, 30 –I-2001, La Providencia de la ciudad de Huajuapan, 2000, Virgen de Juquila de la ciudad de Huajuapan, 2000, Nuestra Señora de la Luz de la ciudad de Huajuapan, 2000. San Martìn Durasnos.
Se preocupó de la formación de las Asociaciones y Movimientos Diocesanos. Con motivo del V Centenario de la Evangelización de América Latina impulsó la realización de un Congreso Eucarístico Mariano, en 1992, cuyo objetivo fue: “Valorar el Proceso Evangelizador de la Diócesis de Huajuapan e impulsarlo como pide la iglesia hoy, para vivir más profundamente su Fe en Jesucristo Eucaristía y en la Virgen María”. El lema fue: “A JESÚS POR MARÍA”. Este congreso se realizó del 5 al 7 de octubre de 1992 su contenido se centró en un concurso acerca de la doctrina de la eucaristía y de la Santísima Virgen María. El Congreso fueprecedido por congresos de zonas. Con este motivo se dieron conferencias sobre la evangelización, la Santísima Eucaristía y la Virgen María. El concurso fue para niños, jóvenes y adultos. Concluyendo con la coronación de la Virgen de las Nieves patrona de los Mixtecos.
Con motivo del Año Internacional de la Familia se realizó el Primer Congreso Diocesano de la Familia del 15 al 19 de noviembre de 1994. Los temas centrales de estudio fueron expuestos por los Señores Obispos de la Región Oriente, junto con el Sr. Arzobispo de Oaxaca. Visitó todas las parroquias de la diócesis. Dividió a la misma en 5 zonas pastorales; al frente de cada una nombró un Vicario Episcopal. Primera Zona: Decanato 1, segunda Zona: Decanatos II y IV. Tercera Zona: Decanato III y VII, Cuarta Zona: Decanatos V y VI, Quinta Zona: Decanatos VIII y IX. Además se nombró un Vicario Episcopal de Religiosas, Pastoral Urbana y Pastoral Indígena.
Dirigió a la Diócesis mediante cartas pastorales, expidió más de 54 circulares, y otros comunicados. Desde el principio de su gestión pastoral fundó la revista “Palabra de Vida” que circuló del año 1992 al 1994, fueron 9 revistas. En el mismo año en que llegó, pensó en la realización de un SÍNODO. La apertura se realizó el 26 de agosto de 1993 en Catedral.
El objetivo del III sínodo diocesano fue: “Que todos los miembros del pueblo de Dios nos pongamos en actitud de revisión y búsqueda, sobre el ser y el quehacer de la diócesis, que nos lleve a una toma de conciencia de cómo estamos y de cómo queremos estar, bajo la moción del espíritu santo e iluminados por la doctrina actual de la Iglesia y la Realidad Actual de la diócesis, para que logremos sacar conclusiones claras y concretas que ayuden a la diócesis a ser fiel a su vocación”. El lema del III SÍNODO fue: “CAMINANDO JUNTOS CON EL SEÑOR” Se dijo que el Sínodo es un tiempo de revisión y renovación espiritual. La Diócesis se quedó en la etapa de los pre-sínodos, ya que debido al cambio del Sr. Obispo a la Diócesis de Tehuantepec, no se pudo continuar. Para la información sobre el sínodo surgió el boletín llamado “CAMINO”.
Nombró nuevo equipo formador del Seminario y como nuevo rector al P. Rogelio Palma Tapia. Una de sus grandes preocupaciones fue mandar gente a preparar a Europa, a diferentes universidades y a la Universidad Pontificia de México, 14 sacerdotes, 8 seminaristas, 2 religiosas diocesanas, dando un total de 24 los que aprovecharon esta opción. Su pasión fue: La formación de agentes de pastoral. Decía: “La mejor inversión es formar al hombre”.
Otra obra a la que dedicó mucha atención fue la construcción del Centro Diocesano de Formación de Agentes Laicos Señor de los Corazones, la cual se realizó a finales de 1993. La idea arquitectónica está basada en el mensaje que el Papa Juan Pablo II dio en Mérida Yucatán: “evangelizar con la cultura”. En 1995 y 96, una vez inaugurada la casa, se realizaron cursos para jóvenes y señoritas, donde se les dio una formación integral mediante varios talleres.
Otro momento que le tocó vivir a Monseñor Felipe Padilla fue la Inscripción de la Diócesis a la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, el 24 de junio de 1993. Y fue responsable de esta presentación, el M. I. Sr. Cango, D. Luis Martìnez Rivera.
Entre otras cualidades notamos que fue buen economista y estratega, él decía: hay que atender más a la gente. Su preocupación fue la formación de los sacerdotes y laicos para un mejor servicio pastoral. Su meta era llevar la palabra de Dios a todos los feligreses.
En agosto de 1996 fue nombrado obispo Coadjutor de Tehuantepec y por orden de la Santa Sede fue trasladado a la Diócesis de Tehuantepec el 10 de octubre de 1996. Fue nombrado Administrador Apostólico de Huajuapan, de donde era obispo residencial, completando 9 años y 10 meses en la conducción de la Diócesis.